澳大利亚相关部门一份关于大堡礁的报告说，农药正在威胁大堡礁生态系统。在澳大利亚东海岸的珊瑚礁群大堡礁总体来说状况中等，但是每年有28吨农药从农场流入大堡礁海域，多数来自甘蔗园。
据媒体报道，大堡礁也受到养牛场沉积物的威胁。在大堡礁纵深60公里处也发现了能够伤害珊瑚的有毒物质。另外，该报告还发现有将近25%的园艺生产者和12%的放牧者采用不被业界接受的有害农药。
这份报告是第一份关于大堡礁环境水质的官方报告，而洪水也把更多污染物质冲入大海，好在大堡礁最近的情况已有了很大改观。环保人士呼吁，限制农药的使用，并禁止使用除草剂。